La estación de Carpetana pertenece a la ampliación suroeste de la línea 6, entre las estaciones de Oporto y Laguna, cuyo objetivo era el cierre de la línea circular que culminaría el 10 de mayo de 1995.

En 2008, durante los trabajos de accesibilidad y modernización de la estación, se descubrieron restos paleontológicos en ella. Las sistemáticas excavaciones realizadas hasta junio de 2009 permitieron recuperar más de 10.000 restos fósiles de animales que vivieron en Carpetana hace 14 millones de años, en el Mioceno medio.

A lo largo de la estación se pueden ver reproducciones de diversos animales de la referida etapa, junto a un mural explicativo de la fauna prehistórica documentada en el lugar y de las labores arqueológicas llevadas a cabo.